El Gimnasio Militar FAC “TC. Flavio Angulo Piedrahita se creó fundamentado principalmente en la necesidad de brindar educación a los hijos de los militares y civiles que laboran en la Base Aérea Germán Olano Con el nombre de María Auxiliadora y con los grados kínder y Primero de primaria. El comandante de la unidad, nombro al señor Teniente Coronel Flavio Angulo Piedrahita segundo comandante de la unidad como Presidente de la Asociación de Padres de Familia y encargado de acondicionar y construir dicho colegio.

En el año de 1979 el  Comandante de la unidad el señor Coronel Alfredo Ortega Caicedo, él logra renovar la licencia de funcionamiento por medio de la Resolución N° 00045 y para el año de 1980 se crea el grado Decimo de Educación Media Vocacional mediante la Resolución N° 000466 del 20 de Marzo de 1980 del Ministerio de Educación Nacional.

En el año de 1982 bajo la Dirección de la Rectora Teniente Mary Elvira Pabón Miranda se creó la bandera del IMFAP con tres colores (azul, blanco y verde) alusivos a las metas y desempeños del IMFAP. Al mismo tiempo fue diseñado el escudo por el alumno Jorge Arturo Correa.

En el año 1992 estuvo como rectora la señora Capitán Martha Cecilia Caina Cubillos y en dicho año  se cantó por primera vez el himno del IMFAP escrito por el maestro Josué del Carmen Triana Chaparro, de igual forma se dio inicio al Programa Militar Especial con 14 alumnos del grado noveno dando cumplimiento a la Directiva Permanente 080/97.

En el año 2000 al 2003 estuvo como rector el Presbítero Fabio de Jesús Restrepo.

En el año 2004 al 2006 estuvo como rectora la Lic. Luz Miriam Mesa Paredes.

En el año 2007 al 2010 estuvo como rectora la señorita Subteniente Ana María Ospina Florez, en el 2010  La Secretaria de Educación del Departamento de Cundinamarca por Resolución N° 004104  autoriza el cambio de razón social al INSTITUTO MILITAR FLAVIOANGULO PIEDRAHITA” del municipio de Puerto Salgar -Cundinamarca, por el GIMNASIO MILITAR FAC TC. FLAVIO ANGULO PIEDRAHITA” el cual deberá adoptar de ahora en adelante. En este mismo año ICONTEC otorga al GIMFA el Certificado de Calidad SC 7340-1, con respecto a los requisitos especificados en la NTC ISO 9001:2008 para la prestación del servicio educativo en los niveles de Preescolar, Básica y Media.

En el año 2011 al 2013 estuvo  como rector el señor Teniente. Danny Alexis Robayo Rivera se lleva a cabo la auditoria de seguimiento por parte de ICONTEC; con grandes resultados para la política de calidad de la institución, de esta forma garantizando la eficacia del Sistema de Gestión de Calidad en cuanto a resultados alcanzados y mejoramiento de los procesos. Dentro de los grandes logros se observa el alto rendimiento académico de los estudiantes de grado once en la pruebas de estado ICFES obteniendo como clasificación MUY SUPERIOR.

En el año 2014 asume la rectoría el Teniente Juan Guillermo Mahecha y ese mismo año, a partir del mes de  septiembre  ocupa este cargo la subteniente Jenny Lizeth Ubaque Rueda. El Gimnasio mantiene para el mismo año 2014 la Categoría de muy superior en las pruebas Saber 11 bajo la rectoría de la señora Subteniente Jenny Lizeth Ubaque Rueda, esta misma categoría se mantuvo para el año 2015.